去年の7月から、楽天とSBIの空売りの在庫と手数料のデータをとるようになって半年ほどが経ちました。途中、何日かはデータを取り忘れた日もありましたが、手数料の占める割合がどの程度であるかの目安を出すのに差し障るほどではないので、ここまでのところを集計してみます。
仕掛け額、損益に対する割合を見るので、楽天で在庫があったもののみの集計となります。

【2019年7月1日~2020年4月24日】
【売り仕掛け】【楽天在庫あり】【Lv1】
・総仕掛け額:515,611,300円
・損益:+5,232,700円
・勝率:61.9%
・期待値:1.015
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・空売り手数料総額:909,604円
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・損益から手数料を引いた額での期待値:0.838
⇒期待値差分:0.177

これまでは、空売り手数料で期待値が 0.15ポイント ほど下がると試算していたのですが、もう少し、削られてしまっているようです。
楽天でこれなので、その他の証券会社の空売り手数料だと、だいぶ厳しいことになりそうです。。。
無料化云々の話が出ていますが、空売り手数料は今後はどういう方向になっていくのか、気になるところです。
※一部、制度信用でしか仕掛けられなかった銘柄については、このほかに売買手数料がかかっています。

ちなみに、楽天に在庫がなくて、SBIには在庫があったという銘柄についてデータは以下の通り。
※SBIは空売り在庫の一覧表には空売り手数料が載っていないのでデータとして集めていません。
【2019年7月1日~2020年4月24日】
【売り仕掛け】【楽天在庫なし】【SBI在庫あり】【Lv1】
・総仕掛け額:73,033,600円
・損益:+734,200円
・勝率:63.0%
・期待値:1.005

総じてSBIの方が手数料は高めなので、期待値的には楽天より下がることにはなりますが、仕掛ける価値がない、というほどではないので、資金を分散して、SBIでも仕掛けられるようにしておくのもアリということにはなりそうです。